Sekvenciranje genoma SARS-CoV-2 iznimno je važan znanstveni pothvat koji je ostvaren pod vodstvom dr. sc. Olivera Vugreka iz Laboratorija za naprednu genomiku na Institutu “Ruđer Bošković”, a u suradnji s izv. prof. Igorom Jurakom s Odjela za biotehnologiju Sveučilišta u Rijeci te prof. dr. sc. Tomislavom Rukavinom i dr. med. Nevenom Sučićem s Medicinskog fakulteta u Rijeci i Nastavnog zavoda za javno zdravstvo u Rijeci, piše Večernji list.
Kako je u svijetu već sekvencirano gotovo 12.000 genoma virusa SARS-CoV-2, znanstvenici svoj uspjeh ne smatraju senzacijom. Međutim, posebne su okolnosti u kojima se taj uspjeh dogodio, a riječ je potresu u Zagrebu. I to 23. travnja, baš tijekom postupka sekvenciranja, kada je instrument bio otprilike na pola puta u svom radu, koji ukupno traje 22 sata za određivanje genoma virusa.
– Za definiranje broja prisutnih sojeva, a posebno njihove virulencije, potrebno je prikupiti i analizirati velik broj uzoraka uz prikupljanje i analizu epidemioloških i kliničkih podataka koji su vezani uz svaki pojedinačni slučaj infekcije. Takve studije zahtijevaju izniman vremenski angažman, a uz to su potrebni i znatni materijalni i financijski resursi. Međutim, treba naglasiti da su slična istraživanja i u svijetu novijeg datuma. Naime, prvi slučajevi infekcije u Kini pojavili su se unazad svega nekoliko mjeseci, odnosno potkraj 2019. godine, a u RH je prvi slučaj zabilježen 25. veljače ove godine – kaže prof. Rukavina.
Tako, moguće je odrediti odakle je došao 21 virus čiji je genom sekvenciran.
– Nakon što smo odredili genetski kod virusa, odnosno njih 21, jer za više nismo imali sredstava, možemo usporediti slijed svakog virusa međusobno i, naravno, sa svim postojećim genomima virusa u javnim bazama, kojih ima više od 12.000. Iako nismo imali prilike provesti detaljnu analizu, možemo sa sigurnošću zaključiti da je virus u Hrvatsku stigao u nekoliko navrata i da je najsličniji virusima sa sjevera Italije i Austrije, što ne iznenađuje. Međutim, uočili smo i postojanje virusa koji nisu došli tim putem, no za detaljnu analizu potrebno nam je još vremena. Virusi koji cirkuliraju u Hrvatskoj generalno odgovaraju šarenoj slicibrojnih sojeva kakva je zastupljena i širom Europe, za razliku od, primjerice, Australije ili Kine – opisuje dr. Vugrek.
Iako bi to bio veliki zalogaj, sekvencirati genome virusa čiji bi se uzorci prikupili sa svih 2000 pozitivnih u Hrvatskoj ne bi bilo i nemoguće.
– Naš je tim nedavno prijavio projekt Hrvatske zaklade za znanost s ciljem cjelokupne analize svih uzoraka virusa u Hrvatskoj, više od 2000 izolata virusa. Ovaj pristup predstavljao bi jedinstvenu analizu kojom bi se dali odgovori na brojna znanstvena pitanja uključujući navedene analize virulentnosti sojeva, dinamike mutacija, određivanje regija koje mutiraju više, adaptacije virusa, njegova širenja i sl. Želja nam je krenuti sa sustavnim traženjem faktora koji određene ljude predisponiraju za težak oblik bolesti. Trenutačno je u fazi evaluacije projekt koji pokušava dati odgovore na pitanja faktora podložnosti za razvoj težih oblika COVID-19, proračun projekta iz domene nepovratnih sredstava je 12,4 milijuna kuna. Nadamo se pozitivnom ishodu evaluacije naših prijedloga. Međutim, važno je napomenuti da je za uspješan projekt nužna suradnja bazičnih znanstvenika različitih struka (molekularna biologija, virologija, epidemiologija) i kliničara te se nadamo da će naša grupa rasti i da ćemo uspostaviti suradnju s drugim centrima. Osim toga, valja također naglasiti da su naš rad snažno podržale matične institucije Sveučilište u Rijeci i Institut “Ruđer Bošković” te se nadam da ćemo uskoro osigurati i financije za daljnja istraživanja – kaže dr. Jurak.
Odgovora na pitanje o opasnosti pojedinog soja, dakle, u ovom trenutku nema, ali zna se kako se do njega može doći. – COVID-19 zbunjuje liječnike i znanstvenike širinom kliničkih manifestacija u naizgled istoj populaciji. Nedvojbeno je da starost i kronična stanja i oboljenja predstavljaju glavni rizik za razvoj teške bolesti. Međutim, isto je tako uočeno da mlađi, prethodno potpuno zdravi ljudi mogu teško oboljeti. S duge strane, prepoznat je veći brojo soba zaraženih SARS-CoV-2 koji, u najgorem slučaju, razviju blage simptome prehlade ili su sasvim bez simptoma (asimptomatični). Iako postoje brojne mogućnosti za odgovor na ovu zagonetku (npr. specifičnosti pojedinca, način infekcije i dr.), moguće je da odgovor leži u različitim mutacijama virusa, a na što će nam odgovor dati analiza genoma virusa. Trenutačno postoje tri glavna tipa virusa (klade), S, G, i V. Naziv je vezan za uočene promjene u virusu. Naši HR virusi pripadaju većinom u S kladu. Trenutačno vidimo u svijetu vise od deset kladi, odnosno podtipova virusa. Pretpostavljam da će se cjepiva razvijati za glavne klade virusa, to možete usporediti s cjepivom za gripu. Naime, ovisno o sezoni, cjepivo je prilagođeno za određene podtipove koji će se neke godine pojaviti – objašnjava dr. Jurak.
Kako je nastao taj koronavirus?
– Iako se tehnikama molekularne biologije i manipulacijama nasljednog materijala mogu generirati virusi u laboratorijima, vrlo je nevjerojatno da se to zbilo u slučaju SARS-CoV-2. Kao prvo, u šišmišima i ljuskavcima pronađeni su virusi vrlo visoke sličnosti s uzročnikom COVID-19. A kao drugo, za postizanje visoke specifičnosti i posebnosti vezanja za svoj receptor ACE2 bila je potrebna prirodna selekcija virusa u domaćinu – zaključuju, piše Večernji list.
